北海道新幹線在新青森車站以南將與東日本旅客鐵道（JR東日本）負責運營的東北新幹線連接，並採用直通運營的方式。東京—新函館北斗車站間的票價比日本商務人士等經常選擇乘坐的東京羽田—函館間的飛機票價便宜近20%，北海道旅客鐵道希望以此吸引乘客。
從日本東北部宮城縣的仙台—新函館北斗站間的票價為1.731萬日元（約合台幣4742元），而從本州島最北端的新青森—新函館北斗間的票價為7260日元（約合台幣1989元），相當於頭等艙的「綠色車廂」的東京—新函館北斗間票價為3.828萬日元（約合台幣1萬488元）。
與JR旗下其他旅客鐵道公司運營的新幹線相比，北海道新幹線的這一票價設定仍偏高。據北海道旅客鐵道介紹，北海道新幹線每公里的特急費相當於東北新幹線的1.52倍，為全日本最高。
原因是其較高的修建成本。由於北海道冬季寒冷且容易積雪，加之一半以上的運營區間為與貨物列車共軌的特殊線路，為安全起見，又引進了新的運營系統。此外，北海道新幹線通過的全球最長海底隧道——青函隧道已開通30年，應對設施老舊化的措施也不可或缺。
據悉，北海道旅客鐵道將估算向日本政府支付的線路使用費用等，商議是否進一步提高特急費用。
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