面對未來無可避免的「新」氣候型態所帶來的嚴厲挑戰，我國必須以新思維加以因應並強化準備，但檢視目前有關自然資源管理、監測與研究等業務，卻分別由不同部會掌理。由於權責分屬不同部會，行政流程冗長，影響決策與服務效能，以及資源配置效率，行政機關間的決策整合更不容易，影響政府對於國土環境保育的整體發展及行政效率。
因此，行政院在進行組織改造之初即規劃成立「環境資源部」，作為環境永續發展的規劃者與執行者，透過整合污染防治及自然保育業務及相關機關，因應全球溫暖化帶來氣候變遷的新挑戰。
考量任何一個環保議題都牽涉到「氣、水、林、地」四項因素，並且環環相扣，因此在策略上，環境資源部組織設計以大氣圈、水圈、地圈、林圈為面向；以污染防治、氣候變遷、流域管理、災害防治及自然保育為主軸；以空氣、水、林、地及生態整合原則，統合對於環境與資源的保護、保育及管制工作，以落實業務與組織的合理劃分。
「環境資源部」成立後， 跟現行的「行政院環境保護署」有什麼不一樣？過去「行政院環境保護署」，比較趨近一個「環境糾察」的角色，而未來的「環境資源部」比較趨近問題的發現者及預防者。
以流域管理為例，現行河川上游的林地，有關森林保護與水土保持，屬於農委會林務局與水土保持局的管轄範圍，但水質的監測與保護則歸環保署管理。到了中、下游的山坡地、平地，隨著各種產業的發展，除原管理單位外，又增加了河川治理、區域供水的經濟部水利署，以及環境評估監測、污染防制的環保署等數個管轄單位。
要讓民眾擁有乾淨的河水，就必須從源頭辦理整治河川與改善水質，這些工作都需要長期投入且涉及不同部會的執掌業務。過去環保署是水保處負責水質保護，只能做河川水質污染的糾察隊，但未來「環境資源部」則納入河川相關部門，系統化綜合處理水資源問題，擬定治本方案以全面性處理河川問題。
此外，為因應全球暖化及氣候變遷，「環境資源部」將設「氣候變遷司」以整合規劃氣候變遷相關議題及政策，並將積極透過國際合作以提升民眾生活品質。
未來「環境資源部」將秉持「創造優質環境，促進永續發展」理念，打造世代共享健康永續的生態環境與家園，讓台灣能更全面、綜觀的因應各種環保議題。目前「環境資源部及所屬組織法草案」已經立法院委員會議審竣，現正由朝野各黨團進行繼續協商中，距離立法完成僅差「最後一哩路」，盼各界能加以支持。
