面臨ＷＴＯ國際市場的開放與兩岸密切的交流，台灣農業即將面臨更大的考驗：植物的新品種被剽竊，以及外銷市場崩潰的危機。
台灣農作物在智慧財產權上的威脅，以高附加價值的蘭科植物、新品種荔枝、芒果、棗子等蔬果最為明顯。原因在於，這幾年台灣農民將新品種移至大陸生產、銷售的情形嚴重。
據業者估計，這兩年，超過三分之一的台灣花農，把產地移至大陸。「大陸把廠房蓋好，租給台商，土地、勞工、設備一應俱全，從廣州到哈爾濱，台灣花農在大陸各地佈局，」在蘭界十分活躍的台大蘭園經理賴本智說。
賴本智十分擔憂蝴蝶蘭每年三十到四十億元產值的規模能否持續，他表示，花農把新品種拿到大陸種植、販售，一旦大陸人學會生產技術並大量生產，「最快明後年會回銷台灣，還可能進攻美國、日本等台灣外銷的主力市場」。
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