去年，核四停建風暴蔓延，他一句「核四預算依法要執行的」，不但被在野黨立委引用來討伐行政院；更被民進黨立委砲轟，要不閉嘴，要不辭職下台。
今年，力阻五兆錢坑法案過關，得到民進黨黨團的支持。國民黨立委卻批評他，阻擋民生法案，不知民間疾苦。
而一手建立的地方補助款制度，引來的批評更是不分朝野政黨。「主計處跟立法院的關係從來沒這麼壞過，尤其又是跟王院長，」一位在主計處任職多年的官員憂心。
見到老友因為地方補助款制度，身陷政治風暴，甚至被指控作假帳，政大財政系教授曾巨威說：「他愈被這個問題螫得滿頭包，愈表示這個問題重要，他扎到了痛腳。」
不分朝野政黨，包括立法委員、縣市長、地方議員，甚至行政院各部室都曾對林全頗有微詞，因為新制一針扎進糾葛的利益結構裡。
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