十九世紀末的台灣，衛生環境極度惡劣。接踵而來的傳染病，瘧疾、赤痢、霍亂、鼠疫。連當時統治者——日本殖民政府總督乃木希典的母親，都因瘧疾而喪生於台灣。
巴爾頓是拯救台灣脫離流行病的救星，他和弟子浜野弭四郎是下水道工程的奠基者。
他在台灣三年，完成了台北市的下水道系統。在台北、萬華間，比日本國內還早就仿造當時法國巴黎大下水溝的設計，鑄造鋼筋混凝土新式下水道，使汙水經過水門、半圓溝自然流下，從忠孝西路口、成都路口排入淡水河內。由於對改善公共衛生功效顯著，兩年後，日本的東京市、名古屋市也跟進。
這位蘇格蘭愛丁堡出身的工程師一生有個「東方夢」。三十一歲那年，應日本帝國工科大學之聘，任教九年。他娶了日本妻，穿和服，同時教出日本第一代的下水道種子工程師。之後，應後藤新平之邀，為台灣規劃、建設下水道。
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