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國民黨內部的反對，反映國民黨的立法委員希望能加入協商過程，而非國民黨人不同意馬英九的政策。而民進黨方面的反對，一方面起於意識型態與馬英九不同，另一方面則是希望帶動其核心支持者間反中國的情緒。
許多民進黨人以及台獨團體相信，和中國進行經濟合作會破壞台灣的主權，並認為ECFA等類似協議是陷阱。前總統陳水扁在位時，激起反中國情緒是非常有效的選舉策略。不過，兩岸經濟交流和貿易正常化能帶來的經濟利益，卻也是難以忽略的事實。
馬英九一直在推動建立兩岸經濟連結，進展的腳步卻不如原本預期。國民黨在立法院擁有2/3的席次，應該能讓馬英九在立法院能得到充份的支持。不過，如果馬英九不能解釋每個步驟對台灣的利益，以及如何確保台灣的自主性，推動政策的政治成本會非常巨大。
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