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科學家原本認為，大腦自我清理的方式，是讓毒物緩緩流過組織，但羅徹斯特大學的奈德加德（Maiken Nedergaard）指出，現在研究者相信，廢物流過大腦的速度其實快得多。
2013年的研究發現，睡眠時大腦會出現「隱密洞穴」，讓腦脊液沖掉神經毒素。麻省理工學院的史瓦特（Tara Swart）表示，腦脊液位於大腦和脊髓之中，並於人類睡眠之時過濾大腦，需時6到8小時。
此過程會清理腦中的神經毒素，例如可能與阿茲海默症有關的乙型澱粉樣蛋白（beta-amyloid）。若這套系統因為缺乏睡眠而無法正常運作，乙型澱粉樣蛋白等有害物質就會逐漸累積。2015年發表的研究則發現，乙型澱粉樣蛋白還會讓身體無法獲得足夠休息，帶來有如惡性循環的效應，造成長期睡眠不足。
