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忍術有許多宗派，最知名的就是兩大發源地，就是位於滋賀縣的「甲賀」與位於三重縣的「伊賀」。
伊賀市是個人口不到10萬的小地方，但「忍者」卻為當地帶來重要的觀光資源。在「伊賀上野」（原本叫「上野」，為了跟東京的上野有所區別，在前面加上伊賀），有著日本唯一的「忍者博物館」，並從2008年起正式登錄為博物館，成為吸引觀光客的重要據點。
伊賀流忍者博物館從1964年打造一座真正的「忍者屋敷」開始，逐漸擴充館藏與設施，並有專人現場示範解說忍者的十八般武藝，例如，在0.1秒之內迅速隱身消失、以「手裡劍」制敵的技術，往往引起參觀者讚嘆。
到了這裡，許多觀光客都會變裝為忍者（費用只要500日圓，約合150台幣，比動輒數千元的京都藝妓變身便宜許多）。走在街頭，會看到許多忍者爸爸、忍者媽媽抱著忍者小孩，還牽著一隻忍者小狗的有趣場面，甚至有整個旅行團集體變身為忍者，車站也到處可見忍者模特兒，充分感受到「忍者之城」的氣氛。
為了充分掌握「忍者商機」，伊賀上野在四月春暖花開時推動「忍者節」活動，結合當地所有的觀光資源，從食宿、忍者變裝、忍者周邊商品、藝術展演，以及鄰近忍者博物館的上野城、松尾芭蕉紀念館，共同創造商機。
忍者的發源眾說紛紜，許多古老的傳說都出現忍者的身影。比較確定的是，從鐮倉時代到江戶時代，許多忍者接受忍術的訓練，為貴族、大名執行祕密任務，在德川幕府時代甚至納入正式編制，深入敵營從事諜報工作。例如，伊賀的服部半藏就甚受德川家康的信賴與重用，至今在東京仍可看到「半藏門」的名字。
有一說是，忍者原為日本古代的山賊或深山村莊自組的民兵組織，他們為了跟官兵對抗、逃稅、爭地、保護村莊，發展出許多求生知識與游擊戰術。後來，諸侯與他們達成協議，讓忍者運用特殊技能刺探其他諸侯的敵情。但在許多電影、電視、小說的渲染下，賦予大眾對忍者奇幻與浪漫色彩的想像。
