全民健保的納保率很快就達到目標，於第二年就已高至95.5％。雖然民眾所納的保費不同，但藉由政府之補助，民眾可平等就醫。
但健保實施沒多久，1997年度開始就出現短絀的現象，1999年度應收2,647.84億元，但實收卻為2,441.11億元，短拙（虧損）206.7億元。相關機構及學者因此提出解決方法，「醫療支付多元化」是其中方案之一。
健保能永續經營需要兩個條件：
1.健保局的收入，即保費加政府補助預算，需高於健保支出；
2.醫療支出年成長率，需少於國內生產毛額年成長率及健保局收入年成長率，否則為了平衡財務而調整保費勢必面臨政治壓力。
政府為了控制成本，一路演變成目前的醫療現象
以前政府開辦公保時，為了控制醫療費用，而在大都市設立公保門診當作第一線的指定診所，邀請當地第三及第二級醫院之主任或主治醫師以兼任身份診療，設立有水準的檢驗室及X光科，也可施行種種特殊檢查，而把高級醫院當作轉診醫院，因此也提高了醫療費用。
後來公保就醫人數過多，使醫師無法以足夠時間提供符合醫療準則的診療，養成「看病不看病人」的風氣，增加誤診及誤治的機會，濫用醫療資源。
結果破壞了家庭醫師制度、醫療網與轉診制度。公務人員放棄看家庭醫師，而直接到公保門診就診，由自己判定可能罹患哪一種疾病而自行挑選專科或次專科醫師。
勞保開始時，策劃者不敢提高保費與減少醫療照顧項目，只好設法控制醫療支付，對於過低的支付盡量不修改，對於高費用的新診療項目盡量不納入，並限制一次就診費用不得超過一定金額上限。
但國人向來認為看醫生就應該有藥可拿，造成醫生依病人要求而投予藥物，並且當時掛號費只要20元，診所醫生收入只能依賴藥費，醫師只好投藥，並且只給兩天份的藥，兩天後病人再去就醫，導致國民的醫療利用門診次數提高。
「醫療準則」應增列條文：要提供夠水準的醫療服務
其實，要施行全民健保制度之社會，最好具有下列的條件：
■具有足夠的醫療人員、軟體、硬體、醫療網、醫療經費。
■人民具有自由、民主社會之素養，了解全民健保及社會福利制度對所屬社會之重要性，為了配合全民健康制度之永續經營，願意納稅或願意接受負擔部份費用。
但是台灣不是這樣的社會。政府為了實行全民健保所擬定的經費，僅占國民生產毛額之5.1％，比歐洲「經濟合作暨開發組織」24國之平均8.1％低，顯然需要：
■1.提高醫療保費或稅金。但是主事者擔心民眾不會同意，立法委員也不敢投同意票。
■2.減少醫療照顧項目、或不保小病只保大病。但主事者也擔心民眾不認同。
■3.提升醫療效益。為了全民健保永續經營，醫療界也應深思如何適當的應用診療方法，如何提升醫療成果與經濟效益，所以我建議應在「醫療準則」裏加一條文：要提供夠水準的醫療服務。
我認為，醫學日新月異，所需要的經費會愈來愈龐大，因此醫療服務人員與醫療機構不僅需要重視醫療效益，還要重視工作之效率與經濟的效益，可採用企業界的作法，細心企劃，又不該商業化。
此外，為了提高醫療效益，需要成立「醫療網」，包括基層醫療，第二線及第三線醫療，以實行「轉診制度」。為了提高醫療效益成立的「醫療網」不僅是一種「功能性的」，也是一種「可近性的」制度，如果成功，會提高醫療成果與經濟效益，並提升醫療品質。
我認為，控制醫療資源的不適當使用與提升醫療及醫師的品質，都是急待改善的重要課題。
能否要民眾放棄自由選擇名醫及大醫院就醫，而改找家庭醫師診療？能否提供夠多且令民眾滿意的家庭醫師？能否改變民眾的觀念及素養？這些都是難題。
為了企劃成立這種「功能性的醫療網」，需要廣泛、深入的思考，以及做些準備的工作，如：改進家庭醫師的培育計劃、醫師改變診療行為，應多利用問病史及說明診療內容時，教育病人與家屬正確的就醫觀念等。以上這些準備工作應以分段式的步驟進行，需要週密的企劃，包括評估工作。